La réflexion sur la structuration d'un SIG a comme objectif d'en permettre l'opérationnalité, on retrouve donc les principes de conception des systèmes d'information, avec la particularité de leur ajouter les contraintes spécifiques des données spatiales, de leur gestion et de leur traitement.
Ainsi, au-delà d'un logiciel dit de "Système d'Information Géographique", un SIG est, au départ, une réflexion sur l'organisation d'un ensemble de données pouvant comporter des dimensions spatiales. L'outil de SIG, comme QGIS, offre certes un groupe de fonctions qui permettent des opérations sur ces données, mais il faut d'abord concevoir le système d'information dans son ensemble, c'est à dire la manière dont les informations vont être acquises, stockées, gérées, interrogées, croisées, traitées, mises en forme, représentées et communiquées, diffusées.
Cela correspond donc non seulement au logiciel de SIG à proprement parler mais aussi :
Stocker correctement l’intégralité des informations géométriques et attributaires : en préservant leur qualité (précision) et en garantissant leur préservation (redondange, sauvegardes...).
Gérer le référencement spatial qui autorise des relations géographiques (position / distance, relations).
Gérer les métadonnées et préserver la connaissance sur la qualité des données (notamment our leur mise à jour).
Gérer l'inter-opérabilité et la capacité à répondre rapidement aux requêtes, dont les requêtes spatiales (formats d'échange, interfaces d'interrogration, indexes spaiaux performants...).
Gérer les saisies et les mises à jour des données et faciliter la maintenance logicielle et matérielle du système.
Cette organisation, notamment si elle concerne un système qui doit servir plusieurs utilisateurs et durer dans le temps, donc donc être réfléchie et mise en place avec méthode.