L'étape de structuration d'un SIG correspond à la réflexion à mener pour organiser les informations, à la fois dans le système en tant qu'ensemble conceptuel de données, mais aussi, et en conséquence, en tant que structure physique composée de fichiers, bases, relations et autres stockages.
Les méthodes de conception de bases de données dépassent largement les ambitions de la présente formation, on doit cependant rappeler quelques principes et fournir des ressources pour aller plus loin.